– Trình tự mồi 16S V3-V4 (không bao gồm bộ chuyển đổi) 341f :(CCTACGGGDGGCWGCAG, CCTAYGGGGYGCWGCAG, 17 bp) và 806r (GACTACNVGGGTMTCTAATCC, 24 bp). Mồi ngược 341f là hỗn hợp của hai trình tự được liệt kê.
– Kích thước Amplicon: Kích thước đoạn khuếch đại cuối cùng sau 1-Step PCR (khuếch đại mục tiêu và bổ sung mã vạch) là ~606 bp.
– Trình tự Barcode: Trình tự barcode: 10 bp barcodes, Có sẵn tại : tải xuống ở đây.
– Index Primers: Unique dual index (barcodes) để dán nhãn cho từng mẫu.
– Primer Coverage: vi khuẩn (84,2%), vi khuẩn cổ (75,8%) và sinh vật nhân chuẩn (0,0%).
– Thiết bị cần thiết: Máy ly tâm nhỏ, máy ly tâm đĩa (máy ly tâm), hệ thống PCR định lượng thời gian thực 96 giếng (tương thích với SYBR Green) hoặc hệ thống PCR tiêu chuẩn và đĩa PCR thời gian thực 96 giếng.
– Mẫu đầu vào: DNA vi khuẩn tinh sạch ≤100 ng, không chứa chất ức chế PCR.
– Nền tảng giải trình tự: Illumina MiSeq® mà không cần thêm các đoạn mồi giải trình tự tùy chỉnh. Zymo Research khuyến nghị Bộ thuốc thử MiSeq® v3 (600 chu kỳ). Để được hỗ trợ thiết lập bảng mẫu, hãy xem Phụ lục F.