Giải trình tự 16S rRNA là một kỹ thuật thường quy để lập hồ sơ thành phần hệ vi sinh vật. So với giải trình tự metagenomics shotgun, giải trình tự 16S rRNA tiết kiệm chi phí hơn và mạnh mẽ hơn; nó thường yêu cầu ít DNA đầu vào hơn và ít bị ảnh hưởng bởi sự hiện diện của DNA vật chủ. Tuy nhiên, giải trình tự 16S rRNA cũng có những thách thức riêng. Một thách thức lớn là sự hình thành các trình tự PCR chimeric, là các trình tự nhân tạo thu được từ sự tái tổ hợp của hai hoặc nhiều khuôn mẫu PCR. Ngoài ra, với các đoạn mồi 16S thông thường, rất khó để đạt được cả độ phân giải cấp loài và phạm vi phát sinh loài rộng. Hơn nữa, các quy trình chuẩn bị thư viện 16S thông thường được sử dụng trong lĩnh vực này chưa được tối ưu hóa để tiết kiệm chi phí cho các ứng dụng quy mô lớn. Bộ Quick-16S NGS Library Prep Kit nhằm mục đích chuẩn hóa quy trình chuẩn bị thư viện để giải trình tự 16S rRNA. Các tính năng nổi bật của bộ kit được mô tả dưới đây. 16S rRNA Library Prep nhanh nhất. Bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện NGS Quick-16S sử dụng real-time PCR (định lượng) (qPCR) thay vì PCR điểm cuối để khuếch đại rRNA 16S, cho phép định lượng trực tiếp các sản phẩm PCR và loại bỏ nhu cầu phân tích định lượng thư viện bổ sung như phân tích TapeStation hoặc điện di gel. Quá trình làm sạch bằng enzym được đưa vào giữa hai bước PCR, giúp tiết kiệm thời gian và giảm chi phí so với quá trình làm sạch dựa trên hạt AMPure kéo dài. Với các tính năng này, bộ kit giảm đáng kể thời gian thực hành chuẩn bị thư viện 16S. Đơn giản. Bộ Quick-16S NGS Library Prep Kit bao gồm tất cả các thuốc thử cần thiết để chuyển đổi 96 mẫu DNA thành thư viện 16S. Thư viện thu được tương thích trực tiếp với Illumina MiSeq mà không cần thêm các đoạn mồi giải trình tự tùy chỉnh. Chính xác. Việc sử dụng PCR thời gian thực cũng cho phép người dùng kiểm soát các chu kỳ PCR. Điều này hạn chế sự hình thành chimera và độ lệch PCR trong khi vẫn thu được đủ sản phẩm để giải trình tự tiếp theo. Trong hầu hết các trường hợp, sự phong phú của các trình tự chimera PCR được duy trì dưới 2%. Tăng độ bao phủ. Do sự mở rộng nhanh chóng của cơ sở dữ liệu 16S rRNA, phạm vi bao phủ vi khuẩn không đủ của các bộ mồi 16S phổ biến đã trở nên rõ ràng. Zymo Research đã thiết kế lại hai bộ mồi phổ biến nhắm vào các vùng 16S V1-V2 và 16S V3-V4 dựa trên cơ sở dữ liệu tham chiếu 16S mới nhất và cải thiện đáng kể phạm vi bao phủ của chúng.